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核酸相关> DNA标记和检测> DNA甲基化检测
产品编号: D6751L
产品包装:500μg
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价格: ¥ 3698.00
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产品编号 产品名称 产品包装 产品价格
D6751S Recombinant APOBEC3A (A3A) 25μg 358.00元
D6751M Recombinant APOBEC3A (A3A) 100μg 998.00元
D6751L Recombinant APOBEC3A (A3A) 500μg 3698.00元

碧云天研发生产的Recombinant APOBEC3A (A3A),即载脂蛋白B mRNA编辑酶催化亚基3A (Apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3A, or Apolipoprotein B mRNA-editing catalytic polypeptide-like 3A),也称为APOBEC3A、A3A、ARP3、PHRBN、DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A或DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC3A,是碧云天自主研发的PerfectProtein™技术平台表达、纯化获得的一种DNA胞嘧啶脱氨酶。

APOBEC3A属于APOBEC3基因家族,在机体抗病毒过程中有重要作用,其中的作用机制之一是可以把外源的病毒的单链DNA中的胞嘧啶脱氨基变成尿嘧啶,从而导致DNA的降解[1]。APOBEC3A可将单链DNA中的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶,后续PCR扩增时就会相当于产生了C变成T的突变,从而可以用于特异性检测DNA甲基化水平。APOBEC3A可以用于基因组DNA的甲基化测序,如酶法甲基化测序(Enzymatic methyl sequencing, EM-seq)和APOBEC偶联甲基化测序(APOBEC-coupled epigenetic sequencing, ACE-seq)等[2]。

亚硫氢酸盐全基因组测序(Whole genome bisulfite sequencing, WGBS)一直是研究DNA甲基化图谱的金标准,但亚硫氢酸盐的化学反应会对DNA造成损伤,导致DNA断裂和丢失以及在甲基化区域表现出明显的GC偏好性,而基于酶法的基因组DNA甲基化测序可以克服这些缺点。EM-seq通过酶法完成全基因组DNA甲基化测序建库包括两个步骤:第一步使用TET2 (Tet methylcytosine dioxygenase 2)和T4-BGT (T4-phage beta-glucosyltransferase)将5-甲基胞嘧啶(5-Methylcytosine, 5mC)和5-羟甲基胞嘧啶(5-Hydroxymethylcytosine, 5hmC)分别转化为5-羧基胞嘧啶(5-Carboxyl cytosine, 5caC)和β-葡糖基-5羟甲基胞嘧啶(β-glucosyl-5 hydroxymethyl-cytosine, 5gmC),5caC和5gmC因为经过修饰不能被APOBEC3A进行脱氨处理。第二步利用APOBEC3A脱氨酶对未修饰的胞嘧啶进行脱氨,将胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U),此步骤不会对5caC和5gmC造成影响,从而将两者区分开来。因此使用TET2、T4-BGT和APOBEC3A这三种酶可实现对5mC和5hmC的特异性检测[2]。

碧云天生产的Recombinant APOBEC3A (A3A)的酶活性检测效果请参考图1。

图1.碧云天Recombinant APOBEC3A (A3A) (D6751)催化胞嘧啶脱氨基转化为尿嘧啶的效果图。在20μl体系中,加入含胞嘧啶(C)残基的单链DNA和图中指定量的本产品,以及相同量的Uracil-DNA Glycosylase (E. coli) (D7360)和Endonuclease VIII (D6781),37ºC孵育过夜使胞嘧啶脱氨基转化为尿嘧啶,然后利用Uracil-DNA Glycosylase (E. coli) (D7360)催化尿嘧啶碱基和脱氧核糖之间的N-糖苷键发生水解,从而释放游离尿嘧啶产生一个脱嘧啶(Apyrimidinic, AP)位点,接着利用Endonuclease VIII (D6781)的AP裂解酶(AP-lyase)活性进行AP位点切除反应,反应完毕后立即放至冰上,并加入DNA/RNA Loading Buffer (2X, for Denaturing PAGE) (R0212),随后用BeyoGel™ TBE-Urea PAGE 预制胶(15%) (R0243/R0244)进行电泳分析,最终进行核酸染色和荧光成像分析。如图所示,本产品可将单链DNA中的胞嘧啶脱氨基转化为尿嘧啶,且效果显著。反应体系(20μl):20mM Tris-HCl (pH7.5 @ 25ºC), 1mM DTT, 1mM EDTA, 30pmol含胞嘧啶(C)残基的单链DNA, 10U的Uracil-DNA Glycosylase (E. coli) (D7360)和Endonuclease VIII (D6781),以及不同浓度的APOBEC3A (A3A)。实际操作时不同实验条件获得的实验结果会略有差异,图中所示结果仅供参考。

用途:胞嘧啶脱氨变成尿嘧啶;EM-seq和ACE-seq等DNA甲基化高通量测序;也可用于酶学动力学、抑制剂筛选和选择性分析。

来源:由大肠杆菌表达人源APOBEC3A基因,经纯化而获得。

纯度:不含DNA内切酶和外切酶,不含RNA酶,不含磷酸酯酶,纯度大于95%。

酶储存溶液:50mM Tris-HCl (pH7.4 @ 25ºC), 50mM NaCl, 1mM DTT, 0.01% Tween-20, 50% Glycerol.

10X A3A Buffer: 200mM Tris-HCl (pH7.5 @ 25ºC), 10mM DTT, 10mM EDTA.

失活或抑制:加入适量0.5% SDS或酚氯仿抽提可以使Recombinant APOBEC3A (A3A)失活。

包装清单:
产品编号 产品名称 包装
D6751S-1 Recombinant APOBEC3A (A3A) (0.25μg/μl) 100μl
D6751S-2 10X A3A Buffer 250μl
说明书 1份

产品编号 产品名称 包装
D6751M-1 Recombinant APOBEC3A (A3A) (0.25μg/μl) 400μl
D6751M-2 10X A3A Buffer 1ml
说明书 1份

产品编号 产品名称 包装
D6751L-1 Recombinant APOBEC3A (A3A) (0.25μg/μl) 2ml
D6751L-2 10X A3A Buffer 5ml
说明书 1份
保存条件:

-20ºC保存,至少两年有效。

注意事项:

使用本产品时宜放在冰盒内或冰浴上,使用完毕后宜立即放置于-20ºC保存。

本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。

为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。

使用说明:
1.使用A3A将胞嘧啶脱氨基转化为尿嘧啶的反应。
a.参考下表在冰浴中配制反应体系。
Reagent Volume Final concentration
Nuclease-free Water (ST876) (17-x)μl -
10X A3A Buffer 2μl 1X
ssDNA with C (10μM) xμl 1.5μM
A3A (0.25μg/μl) 1μl 12.5ng/μl
Total volume 20μl -
注1:按上表设置好反应体系后,轻轻混匀(可以用移液器吹打混匀或用Vortex在最低速度轻轻混匀),随后低速离心沉淀液体。如果同时进行多个反应,可以把上表中除ssDNA之外的所有溶液和酶提前混合,分装到各反应管,最后再加入ssDNA。
注2:如果进一步检测A3A将胞嘧啶脱氨基转化为尿嘧啶的效果可在反应体系中同时加入Uracil-DNA Glycosylase (E. coli) (D7360)和Endonuclease VIII (D6781)。
b.反应条件:37ºC孵育过夜。
c.终止反应:加入适量0.5% SDS或酚氯仿抽提可以使A3A失活。
2.EM-seq:使用Recombinant APOBEC3A (A3A)、Recombinant Ten-Eleven Translocase 2 (TET2) (D6753)和T4 Phage β-glucosyltransferase (T4-BGT) (D6755)进行酶法甲基化测序请自行参考相关文献进行[2]。
3.其它应用请参考相关文献进行。
参考文献:
1.Refsland EW, Harris RS. Curr Top Microbiol Immunol. 2013. 371:1-27.
2.Vaisvila R, Ponnaluri VKC, Sun Z, Langhorst BW, Saleh L, et al. Genome Res. 2021. 31(7):1280-1289.
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产品编号 产品名称 包装
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D6755 T4 Phage β-glucosyltransferase (T4-BGT) 500U/2500U
D6781 Endonuclease VIII 1KU/5KU/20KU
D7360 Uracil-DNA Glycosylase (E. coli) 1000U/5000U
R0212 DNA/RNA Loading Buffer (2X, for Denaturing PAGE) 2ml/10ml
R0243S BeyoGel™ TBE-Urea PAGE预制胶(15%, 10孔) 10块
R0244S BeyoGel™ TBE-Urea PAGE预制胶(15%, 15孔) 10块
ST876 BeyoPure™ Ultrapure Water (DNase/RNase-Free, Sterile) 100ml/500ml
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