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核酸相关> RNA相关> 切割、合成、连接和修饰
T4 RNA Ligase 2, truncated
产品编号: R0635L
产品包装:100kU
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价格: ¥ 6597.00
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产品编号 产品名称 产品包装 产品价格
R0635S T4 RNA Ligase 2, truncated 5kU 578.00元
R0635M T4 RNA Ligase 2, truncated 20kU 1759.00元
R0635L T4 RNA Ligase 2, truncated 100kU 6597.00元

碧云天生产的T4 RNA Ligase 2, truncated (T4 Rnl2, truncated或Rnl2 (1-249)),即T4 RNA连接酶2截短型,该酶仅包含T4 RNA连接酶2 N端249个氨基酸,可特异性地将5'端预腺苷酰化的DNA或RNA (App-DNA或App-RNA)连接到RNA的3'羟基。

T4 RNA Ligase 2, truncated与T4 RNA Ligase 2的酶活性完全不同,后者是一种ATP依赖的dsRNA ligase,而前者是一种不依赖于ATP的,依赖于5'端预腺苷酰化的单链核酸连接酶。

T4 RNA Ligase 2, truncated常用于microRNA (miRNA)等3'端为羟基的单链RNA在克隆、高通量测序建库或PCR检测等时,在3'羟基端添加5'端预腺苷酰化的DNA或RNA接头。

T4 RNA Ligase 2, truncated只能利用5'端预腺苷酰化的单链DNA或RNA作为3'端接头,因此可以大大降低连接反应的背景,通常是小RNA等建库时的优先选择。

T4 RNA Ligase 2, truncated连接时不需要ATP,但需要5'端预腺苷酰化(也称预腺苷化、腺苷酰化或腺苷化)底物。即使在有ATP存在的情况下,T4 RNA Ligase 2, truncated也不能催化连接单链DNA或RNA 5'-P末端与3'-OH末端之间形成磷酸二酯键。而T4 RNA Ligase 1可以在ATP存在的情况下,催化连接单链DNA或RNA 5'-P末端与3'-OH末端之间形成磷酸二酯键。因此T4 RNA Ligase 2, truncated特别适用于small RNA library的制备,不管是进行miRNA的测序还是进行directional mRNA-Seq,该酶都可以提高建库的质量,并有效降低连接反应的背景。

碧云天生产的T4 RNA Ligase 2, truncated催化连接AppDNA和ssRNA的效果请参见图1。

图1. 碧云天生产的T4 RNA Ligase 2, truncated和N公司的同类产品(Competitor T4 RNA Ligase 2, truncated)催化连接AppDNA和ssRNA的效果图。使用本产品或国外N公司的T4 RNA Ligase 2, truncated,即T4 Rnl2(1-249),在20µl反应体系中加入图中指定量的本产品或国外N公司的T4 Rnl2, truncated,25℃孵育60 min进行连接反应,反应完毕后立即取样在65℃孵育20 min终止反应,加入变性上样缓冲液,在95℃孵育5 min后放至冰浴中,随后用15%尿素(7M)变性聚丙烯酰胺凝胶进行电泳分析,最终进行核酸染色和荧光成像分析。如图所示,本产品与N公司的产品相比,具有类似的催化效果。

用途:5'末端预腺苷酰化的单链DNA或者RNA与单链RNA的3'羟基末端连接;cDNA文库构建中连接5'末端预腺苷酰化单链寡核苷酸和小RNA;链特异性的cDNA文库(strand-specific cDNA library)构建中连接5'末端预腺苷酰化单链寡核苷酸和RNA;二代测序中,miRNA文库构建中RNA的3'末端与接头之间的连接;cDNA文库的构建以进行小RNA转录组分析(small-RNA transcriptome analysis)。

来源:大肠杆菌表达的重组蛋白,表达基因为T4嗜菌体T4 RNA ligase 2 N端1-249位的氨基酸。

活性单位定义:200 units is defined as the amount of enzyme required to give 80% ligation of a 31-mer RNA to the pre-adenylated end of a 17-mer DNA (Universal miRNA Cloning Linker, Beyotime, Cat. No. R0702) in a total reaction volume of 10 µl in 1 hour at 25℃.

纯度:无DNA内切酶和外切酶活性,无RNA酶活性,无蛋白酶活性。

酶储存溶液:10 mM Tris-HCl (pH7.5), 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 0.1 mM DTT, 50% (v/v) Glycerol.

失活或抑制:65℃加热20 min可使T4 RNA Ligase 2, truncated失活,或加入蛋白酶K或EDTA也可以抑制其活性。

包装清单:
产品编号 产品名称 包装
R0635S-1 T4 RNA Ligase 2, truncated (200U/µl) 25µl
R0635S-2 10X T4 Rnl2, truncated Buffer 75µl
R0635S-3 PEG8000 (50%, RNase free) 400µl
说明书 1份

产品编号 产品名称 包装
R0635M-1 T4 RNA Ligase 2, truncated (200U/µl) 100µl
R0635M-2 10X T4 Rnl2, truncated Buffer 300µl
R0635M-3 PEG8000 (50%, RNase free) 1.5ml
说明书 1份

产品编号 产品名称 包装
R0635L-1 T4 RNA Ligase 2, truncated (200U/µl) 500µl
R0635L-2 10X T4 Rnl2, truncated Buffer 1.5ml
R0635L-3 PEG8000 (50%, RNase free) 7.5ml
说明书 1份
保存条件:

-20℃保存,至少一年有效。

注意事项:

本产品提供的试剂均用不含DNA酶和RNA酶的水配制,可直接用于3'端为羟基的单链RNA和5'端腺苷酰化的DNA或RNA之间的连接反应。

可根据具体应用选择合适的操作方法,可能需准备额外的试剂,如碧云天生产的R0102 RNase inhibitorR0022 DEPC水等。

使用本产品连接ssRNA和AppDNA时,建议使用的PEG8000的浓度为10%-30%,适当提高PEG8000的浓度,会显著提高T4 Rnl2, truncated的催化的连接效率,而不改变其反应特性。

本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。

为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。

使用说明:
1.用于连接5'端腺苷酰化并且3'端不是羟基的(例如为氨基)单链DNA (AppDNA-NH2)和3'端为羟基的单链RNA (ssRNA)的使用说明具体如下。需要提前准备好待连接的样品,以及Universal miRNA Cloning Linker (R0702, Beyotime)或自备的适当接头。
2.参考下表在冰浴中配制如下反应体系:
Reagent Volume Final Concentration
ssRNA xµl 0.5 or 1µM
DEPC-treated Water (4-x-y)µl -
Universal miRNA Cloning Linker (R0702, Beyotime) yµl 1 or 0.5, or 2 or 1µM
PEG8000 (50%, RNase Free) 12µl 0.3
10X T4 Rnl2, truncated Buffer 2µl 1 X
RNase Inhibitor (40U/μl) 1µl 2U/μl
T4 RNA Ligase2, truncated (200U/µl) 1µl 10U/µl
Total Volume 20µl -
注意:
a.由于涉及RNA操作,需要严格按照RNA操作的规范进行,避免RNase污染,相关试剂和耗材需要经过DEPC处理去除RNase或者确保是RNase free的。推荐在连接体系中添加RNase Inhibitor,以避免ssRNA或其连接产物的降解,尽管经测试我们发现在严格操作的情况下,不加RNase Inhibitor也不会导致ssRNA或其连接产物发生明显降解。
b.进行连接反应时,如果样品RNA比较珍贵,希望充分被连接,可以按照接头和样品RNA的摩尔比为2:1的比例进行连接;如果样品RNA比较充裕,同时感觉接头的成本偏高时,可以按照接头和样品RNA的摩尔比摩尔比1:1甚至1:2的比例进行连接反应,这样可以很好地节省接头。ssRNA的用量可以根据实际的样品量进行适当调节,相应的接头的用量也按照比例进行适当调整即可。
c.如果同时进行多个连接反应,可以把上表中除ssRNA之外的所有溶液和酶提前预混合,然后再分装到各反应管内。
3.连接反应:25℃, 孵育60min。为了使连接反应更加充分,可以适当延长连接反应时间。
4. 终止反应:65℃,孵育20min。
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