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核酸相关> RNA相关> 切割、合成、连接和修饰
产品编号: R0616M
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价格: ¥ 868.00
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产品编号 产品名称 产品包装 产品价格
R0616S RtcB Ligase 25次 288.00元
R0616M RtcB Ligase 100次 868.00元
R0616L RtcB Ligase 500次 3288.00元

碧云天生产的RtcB Ligase,即RtcB连接酶,是一种可催化单链RNA分子3'末端的3'-磷酸或2', 3'-环磷酸与单链RNA分子5'末端的5'-羟基连接的酶。本产品和RtcB Ligase (High Concentration) (R0617)相比,仅酶浓度不同,其余特性相同。如果希望获得更高的连接效率,推荐尝试RtcB Ligase (High Concentration)。

RtcB Ligase主要用于单链RNA分子之间的连接或单链RNA的环化,连接时需要3'-磷酸或2', 3'-环磷酸基团和5'-羟基的存在。

RtcB Ligase也可以用于DNA (Donor)和DNA (Acceptor)、RNA (Donor)和DNA (Acceptor)之间的连接,但连接效率非常低。

RtcB Ligase主要用于3'-磷酸或2', 3'-环磷酸末端的单链RNA/DNA分子与5'-羟基末端的单链RNA分子的连接;对于单链RNA、单链DNA或单核苷酸分子间或分子内5'-P末端与3'-OH末端之间的连接,推荐使用碧云天生产的T4 RNA Ligase 1 (ssRNA Ligase) (R0621)或T4 RNA Ligase (D7021);对于双链RNA的连接,推荐使用碧云天生产的T4 RNA Ligase 2 (dsRNA Ligase) (R0632);对于5'端预腺苷酰化的DNA或RNA (App-DNA或App-RNA)与3'端羟基的RNA的连接,推荐使用碧云天生产的T4 RNA Ligase 2, truncated (R0635)或T4 RNA Ligase 2, truncated KQ (R0637)。

RtcB Ligase的催化连接反应需GTP、MnCl2的参与,并在反应过程中生成GMP,用于底物3'-磷酸末端的活化和连接;对于末端是2', 3'-环磷酸的底物,须先将末端水解为3'-磷酸基团,再由GMP进行活化连接[1, 2]。

碧云天RtcB Ligase催化连接ssRNA的效果请参考图1。

图1.碧云天RtcB Ligase (R0616)催化连接ssRNA的效果图。在20µl反应体系(50mM Tris-HCl,75mM KCl,3mM MgCl2,10mM DTT (pH 8.3 @ 25ºC) )中加入10pmol长度为20nt的ssRNA (5'-OH-UGGCUCCGAUAUCACGCUUCp-3'),适量BeyoPure™ Ultrapure Water (DNase/RNase-Free, Sterile) (ST876),以及最终浓度为图中所示的本产品或N公司(Competitor)的RtcB Ligase,37ºC孵育1小时进行反应。取反应后产物5μl,加入5μl DNA/RNA Loading Buffer (2X, for Denaturing PAGE) (R0212),进行15%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(180V电泳60分钟),随后使用NA-Red (EB升级换代产品,2000X) (D0128/D0130)室温染色5分钟,在紫外灯下观察实验结果。如图所示,本产品与N公司的RtcB Ligase产品相比,具有类似的连接ssRNA的效果。Inter-ligated product为分之间连接的产物,Intra-ligated product为分子内连接形成的环形小RNA。实际检测效果会因实验条件、检测仪器等的不同而存在差异,图中数据仅供参考。

用途:用于末端为3'-磷酸或2', 3'-环磷酸的ssRNA或ssDNA分子与末端为5'-羟基的ssRNA的连接;ssRNA的环化;使用标记探针检测末端为3'-磷酸、2', 3'-环磷酸或5'-羟基的RNA。

来源:纯化自携带编码大肠杆菌RtcB Ligase基因的E.coli重组菌株。

纯度:不含DNA内切酶和外切酶,不含RNA酶,不含磷酸酯酶。

酶储存溶液:10mM Tris-HCl, 50mM NaCl, 1mM DTT, 0.1mM EDTA, 50% Glycerol (pH 7.4 @ 25ºC)。

10X Reaction Buffer:500mM Tris-HCl, 30mM MgCl2, 750mM KCl, 100mM DTT (pH 8.3 @ 25ºC)。

包装清单:
产品编号 产品名称 包装
R0616S-1 RtcB Ligase (15µM) 25µl
R0616S-2 10X Reaction Buffer 60µl
R0616S-3 GTP (1mM) 60µl
R0616S-4 MnCl2 (10mM) 60µl
说明书 1份

产品编号 产品名称 包装
R0616M-1 RtcB Ligase (15µM) 100µl
R0616M-2 10X Reaction Buffer 250µl
R0616M-3 GTP (1mM) 250µl
R0616M-4 MnCl2 (10mM) 250µl
说明书 1份

产品编号 产品名称 包装
R0616L-1 RtcB Ligase (15µM) 500µl
R0616L-2 10X Reaction Buffer 1.2ml
R0616L-3 GTP (1mM) 1.2ml
R0616L-4 MnCl2 (10mM) 1.2ml
说明书 1份
保存条件:

-20ºC保存,至少一年有效。

注意事项:

本产品提供的试剂均用不含DNA酶和RNA酶的水配制,可直接用于3'端为磷酸或2', 3'-环磷酸的ssRNA/ssDNA和5'端为羟基的ssRNA之间的连接反应。

本产品连接的底物需要确保5'末端是羟基,同时3'末端是磷酸或2', 3'-环磷酸。此外,反应体系中必须加入GTP、MnCl2。

如果连接底物为双链RNA或DNA,推荐使用碧云天生产的T4 RNA Ligase 2 (dsRNA Ligase) (R0632)等系列产品。

如果连接底物是5'末端磷酸化或腺苷酰化、3'末端是羟基的ssRNA或ssDNA,推荐使用碧云天生产的T4 RNA Ligase 1 (ssRNA Ligase) (R0621)等系列产品。

可根据具体应用选择合适的操作方法,可能需准备额外的试剂,如碧云天生产的RNase inhibitor (R0101/R0102/R0105/R0106)、DEPC水(DNase、RNase free) (R0021/R0022)、BeyoPure™ Ultrapure Water (DNase/RNase-Free, Sterile) (ST876)等。

使用本产品进行连接反应时,如果底物过多或过少,在反应体系中加入PEG8000至终浓度为15%很多情况下可以显著提高连接效率,同时不影响反应特性。推荐使用PEG8000 (50%, RNase free) (R0056)。

本产品使用时宜存放在冰盒内或冰浴上,使用完毕后宜立即放置于-20ºC保存。

本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。

为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。

使用说明:
1.参考下表在冰浴中配制如下反应体系(以20μl体系为例):
Reagent Volume Final Concentration
Ultrapure Water (13-X-Y)µl -
10X Reaction Buffer 2µl 1X
GTP (1mM) 2µl 0.1mM
MnCl2 (10mM) 2µl 1mM
3'-phosphate ssRNA Xµl (10pmol) 0.5µM
5'-OH ssRNA Yµl (10pmol) 0.5µM
RtcB Ligase (15µM) 1µl 0.75µM
Total Volume 20µl -
注1:由于涉及RNA操作,需要严格按照RNA操作的规范进行,相关试剂和耗材须避免RNase污染,确保是RNase free的,推荐使用碧云天生产的BeyoGold™系列实验耗材及BeyoPure™ Ultrapure Water (DNase/RNase-Free, Sterile) (ST876)进行反应体系的配制。由于涉及RNA操作,考虑到实际操作时的环境可能存在RNase污染,推荐适量添加碧云天生产的RNase Inhibitor (R0101/R0102/R0105/R0106),尽管我们实测不添加RNase Inhibitor时也可以获得良好的连接效果。
注2:上述表格中ssRNA的用量已经比较大,对于样品比较少的情况下,完全可以大幅减少ssRNA的用量。
注3:如果同时进行多个连接反应,可以把上表中除底物之外的所有溶液和酶提前预混合,然后分装到各反应管内,最后加入底物。
注4:对于过多或过少底物的连接,可通过在反应体系中加入最终浓度为15%的PEG8000,以增强连接效果。
注5:为获得最好的底物连接效果,也可根据实际情况调整底物与RtcB Ligase的加入量,摸索最优酶促连接反应体系。
注6:RtcB Ligase的酶促连接反应须GTP和MnCl2的参与,请务必在反应体系中添加终浓度为0.1mM GTP和1mM MnCl2,以保证连接反应的正常进行。
2.按上表配制好反应体系后,适当轻轻混匀反应体系,随后低速离心使粘附在管壁上的液体沉至管底。
3.反应条件:37ºC孵育1小时。
注:反应时间可以根据实际情况酌情适当调整。
4.取连接后产物进行聚丙烯凝胶电泳,拍照观察并分析连接效果。
5.建议将反应产物通过离心柱式纯化或苯酚/氯仿萃取后乙醇沉淀的方式,对连接产物进行纯化后再用于后续实验。
6.其它用途请自行根据实验目的,查阅相关文献资料进行。
常见问题:
1.底物的二级结构或形成了双链RNA是否可能影响RtcB Ligase的连接效果?
是的。RtcB Ligase连接反应中,底物3'端和5'端都须为单链,并且二级结构不能影响单链末端的暴露,以保证连接反应有效进行。
2.RtcB Ligase可以催化DNA底物的连接吗?连接效率如何?
是的。RtcB Ligase可用于DNA (Donor)和DNA (Acceptor)、RNA (Donor)和DNA (Acceptor)之间的连接,但连接效率非常低。
3.RtcB Ligase的最佳反应温度是多少?
RtcB Ligase在37ºC条件下具有最佳酶活和连接效果。
4.可以采用哪些方式提高RtcB Ligase的酶促连接效率?
可以通过在反应体系中加入更多的RtcB Ligase或使用RtcB Ligase (High Concentration) (R0617)、适量添加PEG8000或延长连接反应时间的方式,来提高RtcB Ligase的连接效率。
5.在RtcB Ligase的反应体系中,可以使用镁或其它二价阳离子替代锰离子进行连接反应吗?
不可以。RtcB Ligase的连接反应的正常进行必须加入锰离子,不能使用其它二价阳离子代替。
6.在反应体系中加入聚乙二醇(PEG)分子可以提高RtcB Ligase的连接效率吗?
当加入底物的摩尔量等于RtcB Ligase时,在反应体系中加入PEG8000并不会显著提高连接效率;当加入底物的摩尔量超过RtcB Ligase时,在反应体系中添加15%的PEG8000可以显著提高连接效率;当底物量特别少时,添加PEG8000也可能改善连接效率。
参考文献:
1.Chakravarty AK, Subbotin R, Chait BT and Shuman S. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012. 109(16):6072-7.
2.Moncan M, Rakhsh-Khorshid H, Eriksson LA, Samali A and Gorman AM. Cell Mol Life Sci. 2023. 80(12):352.
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