如何选择适合自己实验室的DNA提取方法?

目前市场上提取基因组DNA的方法主要有苯酚氯仿抽提法、离心柱法和磁珠法三种方法,那么我们该怎样选择适合自己实验室的方法呢?且听小编给您细细道来~

苯酚氯仿抽提法

原理:苯酚可以使蛋白质变性使蛋白质与DNA之间的联结键断裂(同时还可以抑制DNase对DNA的降解),在SDS、蛋白酶K及EDTA等的存在下裂解细胞膜、变性降解核蛋白,使DNA从核蛋白中释放游离出来,再利用苯酚易溶于氯仿的特点以及DNA易溶于水,却不溶于有机溶剂的特点,加入氯仿促进有机相与液相分离,通过离心使溶液分为三层:上层的水相(DNA)、中间层(蛋白质)和下层的酚相(苯酚等有机溶剂),进而分离提取出DNA。

优点:
1.成本低廉;
2.适合长片段DNA提取。
缺点:
1.耗时;
2.必须要使用苯酚、氯仿等试剂,毒性较大;
3.操作复杂,损失量大,回收率低;
4.重复性差;
5.对样本量要求较高,不适用于珍稀样本及微量DNA提取。

碧云天生产的哺乳动物基因组DNA抽提试剂盒(Mammalian genomic DNA extraction kit),采用了经典的蛋白酶K处理法,可以抽提到100-150kb以上的基因组DNA。通常使用本试剂盒,从20毫克组织可以抽提到约40微克基因组DNA,从106-107Hela细胞可以抽提到约5-50微克基因组DNA。

产品信息:

产品编号 产品名称 包装
D0061 哺乳动物基因组DNA抽提试剂盒 50次

离心柱法

原理: DNA硅胶水化后表面带负电荷,当溶液中存在一定浓度阳离子后(如Na+,即高盐溶液)通过“阳离子桥”的作用形成“硅胶(负电荷)-阳离子-DNA(负电荷)”使DNA吸附到硅胶上,而在低盐溶液中“阳离子桥”消失,硅胶(负电荷)与DNA(负电荷)发生静电排斥从而使DNA从硅胶上洗脱下来。

图1.离心柱法提取DNA原理图。

优点:
1.操作简单;
2.安全高效;
3.提取纯度高;
4.适用于样本量较少的DNA提取。
缺点:
1.成本高于苯酚氯仿抽提法;
2.不适用于大量样本DNA提取;
3.不适用于珍稀样本DNA提取;
4.不适用于长片段DNA提取。

碧云天的基因组DNA小量抽提试剂盒(通用型,离心柱式)可以抽提动物组织、鼠尾、培养细胞、细菌、酵母、动物血液、昆虫以及固定组织的包括基因组DNA在内的总DNA。可以抽提少至数百个细胞,多至25mg组织、0.5-1cm鼠尾、500万个培养细胞、20亿个细菌或5000万个酵母。本试剂盒纯化得到的基因组DNA的长度最长可达50kb左右,平均为30kb左右,最短为100bp的DNA也可以被纯化。通过本试剂盒获得的总DNA,OD260/OD280的范围通常在1.7至1.9之间*。

*
OD260/OD280<1.6,表明存在蛋白质、酚、多糖等污染;
OD260/OD280>1.9,表明存在RNA污染。

产品信息:

产品编号 产品名称 包装
D0063 基因组DNA小量抽提试剂盒(通用型,离心柱式) 50次

磁珠法

原理:运用纳米技术对纳米磁珠进行改造,制备成超顺磁性纳米磁珠,使DNA更加特异、灵敏地被磁珠吸附(依靠静电作用、疏水作用和氢键等作用)。

图2. BeyoMag™基因组DNA小量抽提试剂盒(通用型, 磁珠法) (D0088)抽提DNA原理示意图。

优点:
1.安全高效;
2.可实现自动化提取,适用于大批量样本;
3.提取纯度高;
4.适用于低丰度样品DNA提取。
缺点:
1.成本略高于离心柱法;
2. 不适用于长片段DNA提取。

碧云天新上架的BeyoMag™基因组DNA小量抽提试剂盒(通用型, 磁珠法),是一种基于磁珠法的高效便捷的基因组DNA抽提试剂盒。可以用于抽提动物组织、鼠尾、培养细胞、细菌、酵母、动物血液、昆虫以及固定组织的包括基因组DNA在内的总DNA,也可以用于长度大于100bp DNA片段的抽提。通过本试剂盒纯化得到的基因组DNA的长度最长可达50kb左右,平均为30kb左右,最短为100bp的DNA也可以被纯化。通过本试剂盒获得的总DNA,OD260/OD280的范围通常在1.6至1.9之间。

产品信息:

产品编号 产品名称 包装
D0088S BeyoMag™基因组DNA小量抽提试剂盒(通用型, 磁珠法) 50次

其他方法

除了苯酚氯仿抽提法、离心柱法和磁珠法外,还有诸如碱裂解法、酶消化法等直接提取基因组DNA的方法。详细可参考https://mp.weixin.qq.com/s/Yq4Wlp-K4_vFkCvUJwAHxQ

产品信息:

产品编号 产品名称 包装
D7284 一步法鼠基因型鉴定试剂盒 100次/500次
D7283 鼠尾基因型快速鉴定试剂盒 100次/500次
D0065 动物基因组DNA快速抽提试剂盒(PCR分析用) 100次/500次
D7281 动物组织直接PCR试剂盒 100次/500次
D7292 BeyoPlant™植物基因型快速鉴定试剂盒 100次/500次

客户案例

2021年1月27日湖南大学冯欣欣课题组、白玉罡课题组在 Science Advances(IF:14.957) 杂志发表了题为:A polymeric approach toward resistance-resistant antimicrobial agent with dual-selective mechanisms of action 的研究论文, 提出了在抗菌聚合物的分子结构中引入靶向细菌DNA的第二重抗菌机制,即“双重机理”策略来提升抗菌高分子的选择性。
特别地,该研究使用了碧云天基因组DNA小量抽提试剂盒(通用型,离心柱式)(D0063)产品,成功提取了细菌A. baumannii的全基因组基因。