SNP基因分型

SNP(Single Nucleotide Polymorphisms,单核苷酸多态性)是由基因组上单个核苷酸改变而引起的DNA序列多态性,包括碱基的转换、颠换以及单碱基的插入、缺失等,是基因突变的一种。人类基因组中SNP位点总数超过300万个,且每个位点的多态性丰富。在人类可遗传的变异中,SNP占比超过90%。由于SNP在人类基因组中数量较多,发生频率较高,因此被认为是继微卫星之后的新一代遗传学标记,在医学遗传学、药物遗传学、疾病遗传学、疾病诊断学、以及人类进化等研究领域都有着很高的研究价值和应用前景。

SNP研究是人类基因组计划走向应用的重要步骤。大量存在的SNP位点,使人们有机会发现与各种疾病,包括肿瘤相关的基因组突变。研究发现,人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都与SNP有关。

碧云天在SNP位点分析检测方面积累了丰富的经验,不仅拥有先进的仪器设备,更设计开发出多种检测手段,包括直接测序法、KASP分型法、连接酶检测反应(LDR)分型方法、多重SNaPshot SNP分型方法、Taqman探针法等。

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碧云天SNP基因分型方法简介
1. 直接测序法
技术原理:将待检测片段进行PCR扩增并直接测序,是SNP检测方法中最准确的方法。纯合位点为单峰,而杂合峰为套峰,因而很容易将几种基因型区分开来。直接测序法不仅可用于对已知位点的检测,还可用于发现未知的SNP位点。
2. KASP分型法
技术原理:KASP(Kompetitive Allele Specific PCR,竞争性等位基因特异性PCR)只需要设计并合成普通扩增引物,并利用分别带有FAM、HEX或BHQ1修饰的通用探针引物即可实现对基因多态性位点的检测。该方法不仅可以检测SNP多态性位点,对插入缺失和特定的基因组中5甲基胞嘧啶都可以实现检测。该方法不仅缩短了基因多态性检测周期,同时也大大降低了检测成本。
3. 连接酶检测反应(LDR)分型方法
技术原理:主要应用连接酶检测反应 (ligase detection reaction,LDR)技术。即在Taq DNA连接酶的作用下,当左右两条寡核苷酸探针与目的DNA序列完全互补,并且两条探针之间没有空隙时才能发生连接反应,否则连接反应不能进行,最后通过荧光扫描片段长度,实现对SNP 位点的检测。
4. 多重SNaPshot SNP分型方法
技术原理:SNaPshot SNP分型是一种以单碱基延伸原理为基础,同时利用多重PCR对多个已知SNP位点进行遗传分型的方法。在一个含有测序酶,四种荧光标记的ddNTP,紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI 3730 测序仪跑胶后,根据峰的颜色可知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型,根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的SNP位点。
5.Taqman 探针方法
技术原理:在PCR 反应系统中加入2 种不同荧光标记的探针,它们可分别与2个等位基因完全配对。正常情况下,由于探针5′端荧光基团和3′端淬灭基团紧邻在一起,荧光被淬灭。随着PCR 的有效进行,与模板完全配对的探针逐步被Taq DNA 聚合酶5′→3′外切酶活性切割,致使探针5′端上的荧光基团与3′端的淬灭基团分离,淬灭效应解除,报告荧光基团被激活;而与模板不能完全配对的探针(代表另一种等位基因)不能被有效切割,故检测不到荧光信号,通过相应仪器检测荧光值的变化即可实现SNP位点检测。

碧云天SNP基因分型技术服务项目表
服务编号 分型方法 技术特点 引物调试费 位点检测费 服务周期
T0904 直接测序法 适合小样本,位点数量大的分型检测 200元/位点 50元/反应 2-4周
T0905 KASP分型法 适合样本量大,位点少的分型检测 200元/位点 4.5元/位点/样本 2-4周
T0906 SnapShot(小测序) 100-5000个样本,1-40个位点 200元/位点 6元/位点/样本 2-4周
T0907 LDR(连接酶链式反应法) 100-5000个样本,1-20个位点 300元/位点 5元/位点/样本 2-4周
T0908 Taqman探针法 适合几千个样本,位点数10个以下的分型检测 2000元/位点 4.5元/位点/样本 2-4周
T0909 ASA全基因组芯片 基于9000+东亚人全基因组测序数据设计的全基因组 SNP 芯片,该芯片包含70万个标记,是迄今为止对东亚地区的低频突变体(MAF 为 1%-5%)覆盖度最佳的芯片 500元/样 2-3周
注:服务周期随样本量增加,需具体评估。T0906 SnapShot(小测序)、T0907 LDR(连接酶链式反应法)需样本数≥96且检测位点数≥4,若样本数及检测位点数达不到最低要求,需询价。以上表格中不含DNA提取费用,DNA提取费用见下表。
碧云天gDNA提取服务项目表
服务编号 分型方法 检测费(元) 服务周期
T0910 血液 10元/样 1-2个工作日
T0911 组织 12元/样 1-2个工作日
T0912 口腔 8元/样 1-2个工作日
T0913 血斑(血卡) 15元/样 1-2个工作日
T0914 植物叶片 15元/样 1-2个工作日
T0915 细菌/真菌 20元/样 1-2个工作日
T0916 其他 询价 协商
注:以上gDNA提取仅作为SNP分型的配套服务,不单独提供相应服务。

碧云天SNP基因分型技术服务询价与订购
1. 请您下载并填写碧云天SNP基因分型技术服务询价单,发送至service@beyotime.com,我们将第一时间为您提供报价。
2. 若有订购意向,碧云天的技术服务人员会与您联系,并签订碧云天SNP基因分型技术服务协议书。

碧云天SNP基因分型技术服务优势
▶  个性服务:碧云天在SNP基因分型检测方面积累了丰富经验,可根据客户需要设计个性化检测方案。
▶  极速周期:碧云天拥有多种检测平台,可实现快速、稳定的SNP基因分型检测。
▶  高性价比:碧云天一如既往地贯彻以最优惠的价格为客户提供最全面、专业的服务。

碧云天SNP基因分型技术服务客户须知
1、SNP位点信息:
检测人类基因组需提供SNP位点的rs号;其它物种如牛、鸡、鱼等无rs号的,需提供SNP位点上下游各200bp的确切序列,SNP位点的突变类型,以及告知位点的上下游25bp内是否存在其它位点。
2、分型样品:
(1)若分型样品为基因组DNA,样品要求:DNA浓度≥20ng/ul,体积>10ul,位点较多的按照1ul/位点计算。纯度 OD 260/OD280 在1.7~1.9之间。如果要求提供样品纯化服务,我们对每个样品将收取相应纯化费。
(2)若分型样品为血样,样本要求:血液样品,体积大于500ul,需用抗凝剂抗凝,送样过程中请注意保持低温,防止DNA降解。血斑样品,9-25mm2大小的血斑两个以上。
(3)客户在寄送样品的时候,应在送样包裹中放置足量的冰袋,以减少在运输过程中因温度变化导致DNA降解的可能。请在每次寄出样品后及时与本司项目负责人联系,告知样品的详细信息,以便收到样品后能第一时间处理。

碧云天SNP基因分型技术服务流程

碧云天SNP基因分型技术服务承诺
▶  SNPs结果(Excel表格);
▶  原始SNP峰型图;
▶  完整实验报告包括扩增和反应的体系,所涉及的引物、探针序列等。